生态系统的组成成分可分为非生物因素和生物因素两大组成部分。
无机环境是生态系统的非生物组成部分，包含太阳辐射以及其它所有构成生态系统的基础物质，如水、无机盐、空气、有机质、岩石等。
各类生物及其相互关系是生态系统的生物组分。根据生物在生态系统中的作用和地位，可分为生产者、消费者和分解者三大功能类群。生产者指自养生物，主要是各种绿色植物，也包括化能合成细菌与光合细菌。生产者是连接无机环境和生物群落的桥梁；消费者指依靠摄取其他生物为生的异养生物，包括了几乎所有动物和部分微生物（主要有真细菌），它们通过捕食和寄生关系在生态系统中传递能量，数量众多的消费者在生态系统中起加快能量流动和物质循环的作用；分解者是以动植物残体或其他有机物为食的小型异养生物，以各种细菌和真菌为主，也包含蚯蚓等腐生动物。
可见，生态系统是由非生物环境、生产者、消费者和分解者四种基本成分共同组成的一个功能整体。